Le microbiote intestinal expliqué simplement

Le microbiote intestinal, c'est quoi exactement?

Une communauté vivante de bactéries, mais aussi de levures, d'archées et de virus, installée tout le long du tube digestif. La grande majorité vit dans le côlon, la dernière partie de l'intestin.

Une étude de référence publiée en 2016 estime à environ 38'000 milliards le nombre de bactéries chez un adulte, à peu près autant que nos propres cellules. L'ancien chiffre de dix bactéries pour une cellule est donc faux, mais l'ordre de grandeur reste impressionnant.

Chaque personne a son propre microbiote. Il se forme dès la naissance, change avec l'âge, l'alimentation, les médicaments et le mode de vie. On parle aussi de flore intestinale, c'est le nom ancien. Le microbiome désigne plutôt l'ensemble des gènes de ces micro-organismes.

À quoi sert le microbiote intestinal?

Il digère ce que ton intestin ne sait pas digérer seul, en particulier une partie des fibres. En les fermentant, ses bactéries fabriquent des composés utiles, comme les acides gras à chaîne courte, qui nourrissent les cellules de la paroi du côlon.

Il participe aussi à la production de certaines vitamines, occupe la place face aux microbes de passage et dialogue en permanence avec le système immunitaire, très présent dans la paroi de l'intestin. La recherche sur ces liens avance vite. Beaucoup de résultats viennent encore d'études chez l'animal. Il vaut mieux se méfier des promesses trop précises.

Qu'est-ce qui nourrit le microbiote?

Les fibres et la variété des végétaux. Chaque plante apporte ses propres fibres et chaque fibre nourrit d'autres bactéries.

• Les fibres des légumineuses, des céréales complètes, des légumes, des fruits, des noix et des graines. Le repère suisse est d'au moins 30 grammes par jour pour un adulte.
• La variété, avec un repère simple, viser une trentaine de végétaux différents par semaine.
• Les aliments fermentés, comme le yaourt nature, le kéfir, la choucroute crue, le kimchi, le miso ou le kombucha.

Sur les fermentés, l'étude la plus citée a été menée à Stanford en 2021. Pendant dix-sept semaines, un groupe a ajouté des aliments fermentés à ses repas et un autre des fibres, avec dix-huit personnes par groupe. Dans le groupe fermentés, la diversité du microbiote a augmenté et plusieurs marqueurs inflammatoires ont baissé. Dans le groupe fibres, la diversité est restée stable sur cette durée. L'effectif est petit, c'est la limite de l'essai.

Qu'est-ce qui bouscule le microbiote?

• Les antibiotiques, qui touchent aussi les bonnes bactéries. Ils restent indispensables quand un médecin les prescrit, le microbiote se reconstitue en grande partie ensuite.
• Une assiette pauvre en fibres, qui laisse peu à manger aux bactéries qui en vivent.
• Beaucoup d'ultra-transformés, souvent pauvres en fibres et en variété végétale.
• Un changement brusque d'alimentation, qui modifie la composition du microbiote en quelques jours.

Ce dernier point marche dans les deux sens. Une étude publiée dans Nature en 2014 a montré que le microbiote change très vite quand l'alimentation change. L'effet disparaît aussi vite si l'on revient à ses habitudes. C'est la régularité qui compte, pas un effort de quelques jours.

Quand faut-il consulter?

Quand des troubles digestifs durent ou reviennent, quand tu as des douleurs abdominales qui ne passent pas, du sang dans les selles ou une fatigue inhabituelle. C'est un médecin qu'il faut voir en premier.

Pour l'accompagnement à table ensuite, un expert ou une experte en nutrition t'aide à ajuster tes repas sans tout changer. Les analyses de microbiote vendues en ligne ne posent pas de diagnostic, elles ne remplacent pas une consultation.

Questions fréquentes

Pour aller plus loin

• Lire une étiquette alimentaire en 30 secondes
• 50 alternatives aux produits ultra-transformés
• Les recettes de saison des experts GutUp

Par Élise Garcia, nutritionniste à Lausanne et auteure du livre « Cet hiver, je ne tombe pas malade ».